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计量学报  2023, Vol. 44 Issue (5): 818-825    DOI: 10.3969/j.issn.1000-1158.2023.05.22
  电离辐射、标准物质与生物计量 本期目录 | 过刊浏览 | 高级检索 |
RNA内参在转录组测序质量控制中的应用
张瑜,王霞,张永卓,杨佳怡,牛春艳,赵洋,董莲华
中国计量科学研究院 前沿计量科学中心,北京 100029
Applications of RNA Spike-in Quality Control for RNA Sequencing
ZHANG Yu,WANG Xia,ZHANG Yong-zhuo,YANG Jia-yi,NIU Chun-yan,ZHAO Yang,DONG Lian-hua
Center for Advanced Measurement Science, National Institute of Metrology, Beijing 100029, China
全文: PDF (74203 KB)   HTML (1 KB) 
输出: BibTeX | EndNote (RIS)      
摘要 真核生物转录组多样且复杂,通过转录组测序可以获得基因表达的整体信息,发现与疾病相关的标志物,为复杂疾病的诊疗提供支持。转录组测序包括样品制备、建库、测序和数据分析等步骤,每个步骤中存在的误差都会影响转录组测序结果的准确性。利用RNA内参(RNA spike-in)对转录组测序进行质控,可以发现并减少这些误差,提升测序数据结果的可靠性。因此,对RNA spike-in进行介绍,并对其在转录组数据标准化、基因表达量的校正、转录本多样性的识别及量化中的应用进行了重点综述,可为有效利用RNA spike-in提升转录组测序的质量提供参考。
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作者相关文章
张瑜
王霞
张永卓
杨佳怡
牛春艳
赵洋
董莲华
关键词 计量学转录组测序RNA内参标准物质质量控制    
Abstract:Eukaryotic transcriptome is diverse and complex. RNA sequencing (RNA-seq) can be used to provide a global profile of the transcriptome, find biomarkers associated with dieases and support the diagnosis and treatment of complex diseases. The process of RNA-seq includes sample preparation, library preparation, sequencing and analysis. The technical errors that are introduced during all the workflow influence the accuracy of RNA-seq. These errors can be understood and mitigated through the use of RNA spike-in, which can determine quality control for RNA-seq and improve the reliability of RNA-seq data. Therefore, RNA spike-in and its applications are introduced, including normalization between samples, gene expression measurements, detection and quantification of diverse transcripts, which provides powerful reference for improving the quality of RNA-seq by using RNA spike-in effectively.
Key wordsmetrology    RNA sequencing    RNA spike-in    reference material    quality control
收稿日期: 2023-01-03      发布日期: 2023-05-18
PACS:  TB99  
基金资助:中国计量科学研究院基本科研业务费重点领域项目(AKYZD2202)
通讯作者: 董莲华(1981-),女,河北涞水人,中国计量科学研究院研究员,主要从事生物计量方面的研究。Email: donglh@nim.ac.cn     E-mail: lianhuadong@126.com
作者简介: 张瑜(1991-),女,山东菏泽人,中国计量科学研究院博士后,研究方向为核酸计量。Email: zhyu@nim.ac.cn
引用本文:   
张瑜,王霞,张永卓,杨佳怡,牛春艳,赵洋,董莲华. RNA内参在转录组测序质量控制中的应用[J]. 计量学报, 2023, 44(5): 818-825.
ZHANG Yu,WANG Xia,ZHANG Yong-zhuo,YANG Jia-yi,NIU Chun-yan,ZHAO Yang,DONG Lian-hua. Applications of RNA Spike-in Quality Control for RNA Sequencing. Acta Metrologica Sinica, 2023, 44(5): 818-825.
链接本文:  
http://jlxb.china-csm.org:81/Jwk_jlxb/CN/10.3969/j.issn.1000-1158.2023.05.22     或     http://jlxb.china-csm.org:81/Jwk_jlxb/CN/Y2023/V44/I5/818
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